组织蛋白酶F和纤维蛋白-1作为非小细胞肺癌脑转移的新型诊断生物标志物

此项研究采用多个独立的队列来验证候选生物标志物，病例数量较多，并对其中部分病例进行了纵向观察，最终筛选出能够早期诊断、实时监测病情以及评估治疗反应的生物标志物——CTSF和FBLN1，可信度较高。如果本研究采用了更合理的蛋白质组学应用和分析方法，结合现有的大规模临床队列，本文应该会有相当程度的提升。

新型尿蛋白生物标志物组用于胃癌早期诊断

本文是一篇结合病例对照研究设计和蛋白质组学分析的文章，采用较大样本量进行训练和验证，最终确定胃癌早期检测的非侵入性生物标志物组合，对于提高胃癌的可治愈性有一定临床意义。

定量蛋白质组学揭示艾滋病并患非霍奇金淋巴瘤的血浆蛋白变化

本文采取的横断面研究设计，能够为疾病的病因和预后提供线索，适合于一个研究方向的起始阶段。进一步的研究中，可增加发现队列的样本量，采用多种关键蛋白的建模筛选方式，并用更大独立队列进行验证，以提高证据力度。

FTIR成像和蛋白质组学结合鉴定膀胱癌组织化学诊断标志物--基于蛋白质组学的横断面研究

本文是一篇结合横断面研究设计和蛋白质组学分析的文章，使用了多样本集进行训练和验证。主要实验结果包括FTIR成像方法的有效使用、差异蛋白的筛选和候选标志物的IHC验证。

高密度脂蛋白的蛋白质组多样性与心衰患者临床结局的关系——基于蛋白质组学的巢式病例对照研究

本文结合了巢式病例对照研究试验设计和脂蛋白质组学分析，使用了BIOSTAT-CHF队列，初始样本量大，设计严谨，匹配严格，且进行了3次技术重复，证据力度较强。