LLPSDB v2.0是LLPSDB的升级版本，由中国科学院大学团队开发维护。与PhaSePro专注于脚手架蛋白不同，LLPSDB v2.0收录的是任何能发生体外相分离的蛋白质系统（包括天然蛋白、设计蛋白、多组分体系），并将每个实验条件单独列为一条条目。

截至2021年3月，LLPSDB v2.0收录了：

相比上一版本，数据量增长超过两倍，并新增了“Ambiguous system”（模糊体系）类别，用于收录组分不完全明确的相分离体系（如染色质、核小体复合物等）。

访问LLPSDB v2.0首页：http://bio-comp.org.cn/llpsdbv2

首页顶部提供搜索栏，下方为三种浏览分类入口，以及新增的“Ambiguous system”独立入口。

点击“Browse”进入浏览页面，LLPSDB v2.0将所有“Unambiguous system”（明确体系）分为三个维度：

v2.0新增的重要类别，收录以下两类体系：

如protamine（精蛋白，一种天然精氨酸富集肽混合物）

如染色质、核小体+HP1蛋白体系

在这些条目中，明确的蛋白组分仍会展示完整的蛋白详情页，而模糊的复合物部分仅保留简要描述。目前已收录96条模糊体系条目。

搜索模块是LLPSDB v2.0最具特色的功能。v2.0最重要的升级是新增了“Phase separation status”（相分离状态）筛选选项。

“No”选项是LLPSDB的独特优势 —— 大多数数据库只收录“正面”结果，而LLPSDB同时收录了在特定条件下不形成相分离的实验结果。这对构建机器学习负样本集、评估预测工具的假阳性率以及设计实验阴性对照都具有重要价值。

你可以单独选择相分离状态，也可以与其他条件组合搜索，例如：

搜索结果可以勾选特定条目后下载，方便批量处理。

当搜索结果中包含相图条目时，LLPSDB v2.0会将原文中的相图手动数字化为表格，展示相分离边界条件。相图中变化的参数可以是温度、pH、盐浓度、RNA浓度或蛋白浓度等，帮助你快速定位相分离发生的临界条件。

LLPSDB v2.0内置了BLAST序列比对功能，默认e-value阈值设为1e-6，搜索结果按e-value升序排列。

以hnRNPA1为例，进入蛋白详情页后，可以看到以下关键模块：

基于MobiDB数据库或PONDR VL3-BA算法预测的内在无序区域，以及基于SEG算法预测的低复杂度区域，以图形化方式展示在序列上方。

该蛋白相关的所有实验条目，包含以下列：

点击Entry ID后进入的详细页面，记录：

在Download页面，所有数据集按以下分类提供下载：

按相分离状态分为Yes/No/Phase Diagram

同样分为Yes/No/Phase Diagram

用户可根据需求下载对应数据集，用于本地分析或模型训练。

点击“Statistics”可查看数据库的整体统计信息，例如：

这些统计有助于把握领域整体趋势，例如哪些物种的相分离蛋白研究最充分、哪些实验条件最常用。

你计划在体外测试hnRNPA1的相分离行为，需要参考已有的实验条件

❶ 在LLPSDB v2.0首页搜索栏输入“hnRNPA1”

❷ 进入蛋白详情页，查看Table of Entries

❸ 筛选Phase separation status = Yes的条目，点击Entry ID查看详细实验条件

❹ 记录关键参数：

❺ 特别注意Phase separation status = No的条目——它们告诉你在哪些条件下hnRNPA1不会相分离，可作为阴性对照参考

❻ 如果找到Phase Diagram条目，可查看相图了解相分离发生的浓度-盐浓度边界

如果你的目标蛋白在LLPSDB v2.0中没有记录，可以尝试BLAST搜索其序列，寻找同源蛋白的已知条件作为起点。

LLPSDB v2.0是目前最全面的体外相分离实验条件数据库，其核心优势在于：

❶ 实验条件粒度细：每个实验条件单独成条目，精确到浓度、温度、pH

❷ 正负样本兼收：独有的“No”状态数据，助力机器学习与阴性对照设计

❸ 相图数字化：将文献中的复杂相图转化为可查询、可下载的结构化数据

❹ 模糊体系纳入：收录染色质、核小体等复合物体系，拓宽应用边界

下一篇我们将进入第三个重要数据库 —— PhaSepDB 3.0，它侧重于收录无膜细胞器的组成蛋白（包括客户蛋白），敬请期待。

数据库中收录的均为已有文献报道的实验数据。若您的研究对象是尚未被注释的新蛋白，或希望在特定样本中系统筛选具有相分离倾向的候选分子，则需要借助实验手段进行高通量鉴定。数据库检索与实验筛选相结合，可大幅提升相分离研究的效率。